A alimentação demonstra um impacto importante nesse contexto. Um exemplo claro ocorre com a disponibilidade de proteínas e vitaminas. Por exemplo, metionina, um aminoácido, colina e ácido fólico (vitaminas), estão altamente envolvidas nos processos de metilação do DNA. A deficiência de um destes nutrientes pode alterar a formação de compostos plasmáticos, como a homocisteína, relacionado-se com o aparecimento de doenças como diabetes e aterosclerose entre outras.
Alguns indivíduos podem estar mais predispostos à obesidade, devido à exposição constante a fatores ambientais, que levam a alterações nos processos de metilação do DNA. Isso pode ocorrer principalmente na infância e adolescência. Entre os fatores mais importantes, destaca-se a alimentação. Alguns genes têm sido estudados para esse entendimento.
A nutrição materna também pode interferir no desenvolvimento fetal, como é o caso da colina e o sistema nervoso central.
Outros exemplos desses estão associados a elementos como o selênio, que pode regular a expressão de certas enzimas e prevenir doenças, como o câncer.
O Projeto Epigenoma Humano já está a caminho e, com ele, a perspectiva real da modulação da expressão genética.